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Das Collegium Helveticum versteht sich als Think Tank im besonderen Sinne: In einem Bottom-up-Ansatz definiert es gemeinsame transdisziplinäre Forschungsthemen, die über die Zeitdauer von vier Jahren unter wissenschaftlichen, technischen, sozialen, philosophischen und künstlerischen Aspekten erforscht werden, und bietet so Raum für unkonventionelle Ansätze. Das Rahmenthema der Periode vom Frühlingssemester 2016 bis zum Frühlingssemester 2020 lautet «Digital Societies».
Das Kuratorium des Collegiums Helveticum wählt je drei Fellows von Universität Zürich und ETH Zürich sowie einen Fellow von der Zürcher Hochschule der Künste. Die Fellows behalten dabei ihre Lehrstühle und Funktionen an den jeweiligen Hochschulen, werden aber zu 20 Prozent ihres Arbeitspensums für die Forschung am Collegium Helveticum freigestellt. Nach Möglichkeit wird den Fellows von ihren Trägerhochschulen ein zusätzliches Forschungssemester gewährt, das sie schwerpunktmässig am Collegium Helveticum verbringen.
Die Fellows werden nach ihrer Wahl in Zusammenarbeit mit der Leitung des Collegiums Helveticum ein oder mehrere Schwerpunktprojekte im Rahmen des Themas «Digital Societies» festlegen – gemeinsame transdisziplinäre Forschungsprojekte. Während der vierjährigen Persiode sind die Fellows in ständigem Austausch über das Schwerpunktthema und organisieren Forschungskolloquien sowie öffentliche Veranstaltungen mit. Sie treffen sich regelmässig unter anderem an den monatlichen ganztägigen Collegiumstagen.
Das Collegium Helveticum ist in besonderer Weise der Ausbildung und Förderung von jungen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern in transdisziplinärer Umgebung verpflichtet. Daher wird von den Fellows die Einbindung von wissenschaftlichem Nachwuchs in ihre Projekte erwartet.