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Neben der Wirtschaftswissenschaftlichen und der Mathematisch-naturwissenschaftlichen Fakultät führen seit dem Wintersemester 2006/07 auch die Theologische, die Rechtswissenschaftliche und die Philosophische Fakultät gestufte Studiengänge gemäss der Bologna-Reform. Die fortschreitende Umsetzung der Reform zeigt sich in einer Zunahme der Bachelor- und Masterstudierenden gegenüber dem Vorjahr um 164,4 Prozent. Gesamthaft sind nun mehr als 5000 Studierende in Bachelor- und Masterprogrammen eingeschrieben.
Während die Zahl der Eintritte mit 3147 (-0,5 Prozent) insgesamt stagniert, herrschen in den einzelnen Fächern ganz unterschiedliche Tendenzen. Deutliche Zunahmen verzeichnen Zahnmedizin (+34,1 Prozent), Deutsche Sprach- und Literaturwissenschaft (+31,7 Prozent), Chemie / Biochemie / Wirtschaftschemie (+16,4 Prozent), Politikwissenschaft (+15,0 Prozent), Pädagogik/Erziehungswissenschaft (+14,5 Prozent), Publizistikwissenschaft (+6,9 Prozent) und Ökonomie (+5,9 Prozent). Rückläufig sind die Eintrittszahlen in Soziologie (-35,5 Prozent), Kunstgeschichte (-29,4 Prozent), in den Romanischen Sprachen (-29,3%), Veterinärmedizin (-19,5 Prozent) und Psychologie (-10,8 Prozent).
Der Anteil ausländischer Studierender hat in den vergangenen Jahren kontinuierlich zugenommen und beträgt mit 3441 Studierenden mittlerweile 14,4 Prozent. Dabei stellen die knapp 2000 Studentinnen und Studenten aus den Nachbarländern der Schweiz den weitaus grössten Anteil. Auf der Doktoratsstufe liegt der Anteil ausländischer Studierender erstmals über der Marke von 30 Prozent. Die Mathematisch-naturwissenschaftliche Fakultät hat mit 57,2 Prozent den höchsten, die Rechtswissenschaftliche Fakultät mit 14,7 Prozent den geringsten Anteil ausländischer Doktorierender.
Auch der Anteil der Frauen an der Gesamtzahl der Studierenden hat ein weiteres Mal zugenommen und liegt nun bei knapp 55 Prozent – allerdings gibt es grosse Unterschiede zwischen den verschiedenen Studienstufen und Fächern. Auf Doktoratsstufe beträgt der Frauenanteil bereits 48,3 Prozent.